生物学的コントロールも検討する必要があります。 どのような染色でも重要ですが、より高いバックグラウンド蛍光があることがある細胞内染色では重要です。 コントロールとしては、他にも既知の陰性サンプルおよび既知の陽性サンプルがあります。

次のような例があります：

• 文献から既知の目的の抗原の発現を発現するかまたは発現を欠く細胞
• RNAiまたはCRISPR技術を用いて、抗原がノックダウンまたはアウトされた細胞でネガティブ細胞を産生する
• トランスフェクションによって目的タンパク質を過剰発現した細胞は陽性コントロールとして使用されます。
• サイトカイン放出測定などのいくつかの実験では、刺激なし、および完全に刺激されたサンプルは、陽性結果および蛍光染色のダイナミックレンジの両方を決定するために重要です。